Со широката примена на флуорохинолоните, бактериската резистенција и негативните реакции исто така се јавуваат еден по друг.Ново пласираните флуорокинолони како што е темафлоксацин беа прекинати само 15 недели откако беа лансирани во ОК во 1992 година поради несакани реакции како што се алергија, хеморагија и бубрежна инсуфициенција.Затоа, не е дека колку е поголема растворливоста во масти и колку е подолг полуживотот, толку подобро, а фармакокинетиката и клиничките предности и недостатоци треба сеопфатно да се разгледаат.